Indeval se encarga de la custodia física de acciones e instrumentos de deuda además de centralizar todas las transferencias de los mismos incluyendo los valores gubernamentales y las acciones. 

Para los valores inscritos en el Registro Nacional de Valores y que se negocian en las Bolsas de Valores de México, Indeval los mantiene registrados e inmovilizados centralmente en el depósito, manteniéndolos en custodia colectiva y clasificados dentro de una bóveda de acuerdo al tipo de activo, emisor y valor nominal.

Asimismo, la custodia de los valores emitidos en otros países y que se negocian en el mercado mexicano, es proporcionada por el Indeval que los mantiene con los custodios globales internacionales o ICSD por sus siglas en inglés.